在国家队层面，扎霍维奇共为斯洛文尼亚出战60场，攻入30粒进球，首次代表国家队出场是在1992年11月7日对阵塞浦路斯的比赛尽管他在职业生涯中因个性问题而被关注，如在希腊期间因不满队友表现拒绝训练，但在世界杯赛场上，他对国家队队友卡塔尼奇以及国家队的尊重使得他得以在国际赛场上继续发光发热，延续；9月6日星期六，2100肯尼亚对阵纳米比亚，2200马其顿迎战苏
